Just quan anava a ser desposseït, Pius IX, en virtut de la seva autoritat apostòlica, va declarar obert el Concili Ecumènic, en una solemne cerimònia a la basílica de Sant Pere que va durar de les 9 del matí a les 3 de la tarda del 8 de desembre de 1868. Era el vintè de la història i comptava amb 780 pares, més de tres vegades els assistents a l'últim concili, celebrat a Trento feia més de tres segles. Van ser convidats tots els bisbes ortodoxos i totes les obediències protestants, que en la seva absoluta majoria no hi van acudir. El Papa, en canvi, no va convidar a participar els representants dels Estats, trencant el costum inaugurat per Constantí a Nicea i mantingut per tots els concilis durant quinze segles. En un gest de gran audàcia de Pius IX, per primera vegada l'Església es reunia en assemblea suprema separada de l'Estat i amb independència dels poders laics. El tema estrella del Concili Vaticà I era la definició dogmàtica de la infal•libilitat papal, assumpte que va desencadenar una gran polèmica a tot Europa, a la qual Catalunya, on els catòlics eren "més papistes que el papa", va romandre aliena. En el concili, els bisbes de les diòcesis catalanes van defensar fins a l'extrem la infal•libilitat, contra grups de bisbes francesos, alemanys i austríacs i la tossuda oposició de l'únic pare conciliar nascut a Reus, Miquel Domènech i Veciana (1816-1878), bisbe de Pittsburg, seu a la que va renunciar, així com a ser nomenat cardenal. També van ser dels que van demanar que sant Josep fos declarat Patró de l'Església universal. La infal•libilitat es va votar el 18 de juliol de 1870 i després del gran acte de la història de l'Església, Pius IX va acomiadar els pares conciliars fins a l'11 de novembre. Tanmateix, aquell mateix estiu Roma cauria a les mans dels italians i el concili ja no es reprendria. El 19 de juliol va començar la guerra franco-prussiana i el 2 de setembre s'enfonsava l'exèrcit francès a Sedan. Va caure l'Imperi, es va proclamar de nou la República francesa i Roma va quedar sense defensa. Pius IX va donar l'ordre de limitar-se a una resistència simbòlica i cedir abans de qualsevol efusió de sang i el 20 de setembre de 1870, en sentir la canonada que obria una bretxa a la muralla aureliana al costat de la Porta Pia, va manar posar una bandera blanca en la creu de la basílica de Sant Pere. En aquesta situació, va declarar sant Josep Patró de l’Església universal, el 8 de desembre de 1870. La figura del Vicari de Crist "presoner del Vaticà" omplia d'emoció els catòlics d’arreu del món. Milers de pelegrins acudien de l'univers catòlic per manifestar-li la seva adhesió, o per aclamar el "Papa-Rei", al qual arribaven les angunioses notícies dels avenços dels francmaçons i els anticlericals a Itàlia, a la França de la Comuna, a l'Alemanya de Bismark, a Bèlgica, a Bohèmia i a la península Ibèrica. Un dels primers en anar a Roma va ser, el 1871, Josep Maria Bocabella, fundador cinc anys abans de l'Associació de Devots de Sant Josep, que ja comptava amb 400.000 associats, entre ells el mateix papa Pius IX. Va oferir al "Presoner del Vaticà" un grup de plata reproducció del quadre "Descans en la Fugida a Egipte", que presidia l'altar de la capella de sant Josep del santuari de Montserrat, davant del qual havia sorgit la inspiració de fundar l'Associació, i que havia costat 3.000 duros; i tots els diners recollits per l'associació: 18.500 duros. A Roma, van constatar la devoció del poble al Bambino Gesú de Ara Caeli. De tornada a Barcelona, van visitar a Loreto la "Santa Casa", el 26 de novembre de 1871. A Catalunya, la Revolució de 1868 havia agafat l'Església molt més preparada que la de 1835. Gràcies a la influència de sant Antoni Maria Claret en la Cort espanyola, tots els bisbes de Catalunya eren per primera vegada des de la conquesta per Felip V (1714) catalans o plenament identificats amb la llengua i el país. Així, els seminaris diocesans i els noviciats religiosos, reoberts gràcies al concordat de 1851, havien fet una gran tasca. Comptaven més de 2.500 seminaristes (1.000 d'ells al seminari de Vic). Per als 1.900.000 habitants de Catalunya, hi havia uns 4.200 sacerdots diocesans, amb una mitjana d'unes 450 ànimes per sacerdot. L'ús de la sotana s'havia normalitzat i realitzaven exercicis espirituals cada any. Quant als religiosos, es van fundar diversos instituts de vida activa, sobretot femenins; i les lleis franceses de restricció de l'ensenyament van portar a Catalunya molts religiosos i religioses francesos, que van elevar notablement el nivell de l'ensenyament catòlic. Entre els laics, havia crescut la confraria del Rosari, que difonia el rés del rosari en la parròquia o a casa. En conjunt, l'Església havia aconseguit certa incidència en una part substancial de la burgesia i, sobretot, de les classes mitjanes. Tanmateix, la seva acció en el creixent proletariat tenia un sentit apologètic i benèfic -escoles infantils, biblioteques parroquials, asils, hospitals, associacions caritatives com les conferències de san Vicente de Paul, etc. - que no arribava a la majoria d'obrers i que era contrarestada per una eficaç propaganda que identificava els bisbes amb els capitalistes i creava desconfiança popular cap als sacerdots i els religiosos. Les obres socials més enllà de l'estricta caritat evangèlica, com l'"Escola de la Virtut", eren escasses, i estaven inspirades en l'ideari de Balmes, que estava convençut de la inestabilitat de l'estructura social existent en el moment. En esclatar la Revolució, els bisbes, conscients que era un resultat de la influència de la maçoneria i altres sectes anticlericals, van prendre una posició contrarevolucionària, en defensa de la "unitat catòlica". La Revolució, per la seva part, va imposar mesures anticlericals tot seguit: reconeixement de totes les llibertats individuals, expulsió dels jesuïtes, desallotjament de convents per ocupar-los com a casernes, supressió dels seminaris i de col•legis religiosos -entre ells, els Escolapis de Reus- per transformar-los en instituts laics, prohibició d'actes de culte públics, concessió als protestants de llicència per edificar edificis propis, represa de les vendes dels edificis desamortitzats que encara quedaven a les mans de l'Estat, etc. Els bisbes catalans van ser molt actius en el plebiscit de 1869, propagant la seva hostilitat a la nova constitució. En proclamar-se, se'ls va obligar a jurar-la. Cinc bisbes es van mostrar favorables i tres desfavorables, entre ells el bisbe d'Urgell, Josep Caixal i Estradé, que va fugir a Andorra. Als altres dos desfavorables se'ls va negar el passaport per assistir al concili. Caixal va viatjar des d'Andorra i va ser el bisbe que va tenir més intervencions: dotze d'orals i onze d'escrites. Va tornar a Catalunya en esclatar la guerra civil, com a vicari general castrense de l'exèrcit carlista. Sent a Roma, va rebre la carta de mossèn Josep Manyanet, el fundador dels "Fills de la Sagrada Família", de 24 de juny de 1869, on el proposava: "Meditant sobre els mals que porten trasbalsada la societat i sobre el seu remei més oportú i eficaç, i no trobant-lo sinó en la unió de tots els bisbes amb la Seu de Roma en el pròxim Concili ecumènic, em va venir la idea d'interessar al gloriós Patriarca Sant Josep en aquest importantíssim negoci per mitjà de l'erecció d'un temple expiatori fabricat per la caritat dels espanyols, gravant al seu frontispici per a memòria de les generacions futures aquestes o semblants paraules: "Al gloriós Patriarca Sant Josep, Patró de l'Església universal i Restaurador d'Espanya". Per no veure defraudades les nostres esperances, començaríem resant una missa tots els dimecres a Sant Josep, implorant la seva poderosa protecció, i tots els mesos una altra a Maria Immaculada per les pietoses finalitats dels qui es dignessin contribuir amb les seves almoines a l'aixecament d'aquest magnífic temple". Mossèn Manyanet va comunicar la idea al seu amic Bocabella i uns anys després, l'abril de 1874, “El Propagador” plantejava als seus associats "erigir un temple dedicat a la Sagrada Família, a imitació del que estan fent els catòlics francesos en honor del Sagrat Cor a Montmartre i els catòlics romans han promès també en honor del Sagrat Cor, una vegada s'assoleixi el triomf de l'Església". Per Nadal, “El Propagador” va publicar una emocionada descripció de la gruta de Betlem, segons la reproducció que hi havia a Santa Maria la Major.